城市商人的这些新的打破常规的思想意识在学术思想上的反映，首先是对历来封建的世界观特别是对朱子学的宇宙观、方法论的怀疑和批判。从荻生徂徕的“理无定规”（《辩言》），到三浦梅园的“号称圣人、称做佛陀者原来都是人”（《答多贺墨卿君》）[6]等，就是对历来被视为神圣不可侵犯的东西进行重新审视的结果。兰学—自然科学的发展，特别是依据天文学的知识对“天”作出的接近科学的解释（例如，司马江汉对天空、大气及其颜色的解释，中井履轩关于太阳比地球大的解释等）不仅表明了对科学知识的依赖与尊重，而且否定了天上的一切与地上的众生之间的精神联系，打破了“天人合一”的思维模式，无疑是一种思想的解放。“日用事物当行之理属于物，而非属于人。”[7]这种把自然与道德及政治分离开来的观点，为将注重推理的思辨型学术研究，逐渐向注重实际的实证型学术研究推移，提供了有利的思想条件；有关自然科学知识和日常实用的知识日益受到重视。