灵渠沟通了湘漓两条河流，湘水汇入漓水，使原本属于长江流域的湘水与属于珠江流域的漓水连接了起来，因而从长江流域出发的船只，可以通过漓江逾五岭而直接到达岭南地区，即使载重万斤的大船也可以顺利通过，这就为被困于岭南的秦军粮饷的补给带来了新的转机。由于秦王朝的粮饷源源不断地输入，为秦军快速、彻底地征服岭南地区创造了条件。当然，灵渠的作用不仅限于秦始皇时代对岭南的用兵，随着时间的推移，它的作用和意义变得越发宏大和深远。自秦之后的历代，随着灵渠的不断修筑，对于促进岭南与中原地区的经济、文化交流，对生产力的发展和巩固中国的统一，发挥了巨大的作用。而作为岭南同中原水陆交通运输大动脉的灵渠，直到明清时代，仍然是南北水陆交通的最重要的通道。按照明代旅行家徐霞客亲眼见到的情形，灵渠内依然是“运航鳞次”，船只往来不绝。到清代，灵渠被称为“三楚两粤之咽喉……长沙、衡、永数郡盛产谷米，连樯衔尾，浮苍梧（梧州）直下羊城（广州）”。岭南地区大量的特产和器物也通过灵渠下湘江、越洞庭、溯汉水，输送到长江流域和中原各地，灵渠促进了岭南和中原地区的经济文化繁荣与民族的融合。灵渠在作为水陆交通的同时，还浇灌着两岸的万亩农田，为当地农业的发展发挥了巨大作用。