1982年谢振华奉中央军委命令调任昆明军区政治委员，同时担任军区党委书记。昆明军区情况复杂，“文化大革命”期间云南两派对立严重，昆明军区是受派性斗争影响的“重灾区”。谢振华到职后，军区内部形成的对立仍未消除，有些单位仍以派性代替党性，以派划线，任人唯亲，排除异己，结帮营私，严重妨碍党的路线、方针、政策的贯彻执行，危害着军队的团结和建设，更不利于边防的斗争。中央军委对此情况很担心，在谢振华到昆明前，中央军委杨尚昆副主席，杨得志总参谋长和总政余秋里主任，均亲自向他交代，昆明军区地处越南、老挝、缅甸三国邻界，军内安定团结十分重要，当前要消除派性，增强党性，统一军内思想。遵照军委领导人的指示，谢振华在昆明任职期间，着重抓了带动全局的几件事：
第一，结合整党狠抓克服派性，增强党性，要求全军区干部战士在思想上、政治上同党中央保持一致。这是保卫边疆、建设边疆的根本前提。他向指战员剖析派性危害时说：“文革”中的两派，是在特殊历史条件下的产物，不论哪一派，都是在“继续革命”的错误理论指导下特殊历史条件的产物，都是在“一个阶级推翻一个阶级”的错误思想指导下活动的，所以都是错误的，根本不存在哪一派正确的问题。他要求少数闹派性的人不要把自己的一派打扮成正确的，争个我高你低。要彻底否定“文化大革命”，彻底否定两派，才能彻底消除派性。他殷切地希望“文革”中参加过两派组织或倾向过两派的同志，各自看到自己的问题，严格要求自己，总结经验教训，消除派性，增强党性。经过一系列的教育和组织调整，昆明军区的局面有了明显好转，为后来的整党和取得“两山”自卫反击作战的胜利打下了坚实的基础。《人民日报》和《解放军报》对此先后作了专题报道。通过整党，昆明军区出现了一个团结一致、奋发向上、勇于创新、朝气蓬勃的新局面。